Fundado en 1991 como instituto de investigación de la Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y de la Salud (FHCSyS) de la UNSE, el INDES fue desarrollando actividades de investigación y transferencia según los objetivos que conserva hasta hoy. En los últimos diez años se fue intensificando la colaboración con Conicet, dando lugar a un número creciente de investigadores y becarios. Se fueron consolidando nuevos equipos de trabajo y el Instituto pudo multiplicar sus líneas de investigación paulatinamente:

• Año 2000 Equipo Política y ciudadanía
• Año 2008 Equipo Cultura, sociedad y poder.
• Año 2011 Equipo Géneros, política y derechos y Equipo de Sociología Rural
• Año 2015 Equipo Estudios Sociojurídicos en DDHH
• Año 2016 Equipo Sociología del Trabajo.
• Año 2017 Equipo Ecología Política e incipiente Área de Arqueología, sociedad y patrimonio cultural.

En este nuevo marco también se multiplicaron sus acciones de transferencia e incidencia en el espacio público de la provincia. La fecundidad probada de este vínculo impulsó la propuesta de constitución del INDES como Unidad Ejecutora de Doble Dependencia entre la FHCSyS/UNSE y el CONICET.