El Instituto contiene tres áreas que son: Arqueología  y Antropología Aplicada, Antropología Social, y Lingüística. Cada una de estas áreas estará a cargo de un coordinador o responsable.  Por su parte el Laboratorio de Antropología “Dr. José Togo” estará vinculado al área de Antropología Social y tendrá a su cargo el control sobre los bienes patrimoniales del Instituto, labor que estará a cargo del Jefe de Laboratorio.

Director: Dr. Carlos Bonetti